תכנית הלימודים נבנתה מתוך רצון להעניק לתלמידי בית הספר בסיס איתן בענפי הדעת השונים. בטחון רגשי ויכולת ביטוי אישית באמצעות פעילות אמנותית, ומיומנויות מעשיות-איכותיות תודות לטיפוח כוחות הרצון.

תכנית הלימודים מכיתה ט'-י"ב מורכבת משיעורים עיוניים הנלמדים בעיקר בתקופות מרוכזות, מגוון אמנויות, סדנאות למלאכה ואומנויות ופעילות לימודית וחברתית מחוץ לכותלי בית הספר. כל השיעורים בבית הספר הם חובה לכל התלמידים, ובנוסף אליהם יתקיימו 3-2 מגמות הרחבה, פרויקטים אישיים רבים ועבודת גמר עיונית ואמנותית לכל תלמיד.

מדעי הרוח ומדעי הטבע -  

התכנים העיוניים העיקריים נלמדים בתקופות מרוכזות של 4-3 שבועות, שבהם השיעור הפותח את היום במשך כל השבוע מוקדש לאותו נושא. תקופות אלה מאפשרות העמקה והתמקדות במגוון נושאים ייחודיים.

מדעי הרוח -

תכנית הלימודים במדעי הרוח מעניקה היכרות עם התרבויות הגדולות בהיסטוריה האנושית ויצירות המופת הגדולות שלהן, עם התרבות היהודית והישראלית על גווניה הרבים ועם החברה המודרנית העולמית והאזורית על אתגריה ובעיותיה. התלמידים לומדים להכיר טקסטים מורכבים מתוך ההקשר החי והעכשווי שלהם ולכתוב בעצמם עבודות עיוניות ויצירתיות ברמה גבוהה.

מדעי הטבע -

תכנית הלימודים במדעי הטבע מפגישה את התלמידים עם מגוון רחב של תופעות מעולם הדומם, הצומח, החי והאדם, ממבנה התא והחושים השונים ועד להתפתחות העובר, המים וסודותיהם ושמי הכוכבים. תופעות הטבע נלמדות לא מתוך מודלים מופשטים אלא מתוך התבוננות פעילה בעולם הסובב אותנו והבנת הקשריהן ההדדיים של התופעות וזיקתן לאדם ולאחריותו על הטבע.

מתמטיקה ואנגלית -

שיעורי מתמטיקה ואנגלית מהווים חלק גדול מסך השיעורים העיוניים, יינתן מענה לרמות השונות בחלוקה לקבוצות או בשיעורי תגבור. השיעורים יהוו הכנה לבגרות של 5-4 יחידות באנגלית ו 5-3- יחידות במתמטיקה.

אמנויות - האמנויות השונות -  אמנות חזותית, תיאטרון, מוסיקה ותנועה  -

 מהוות את ליבו של בית הספר התיכון. חינוך ולדורף רואה בעשייה האמנותית חלק מהותי בהתפתחותם של הנערים והנערות ולא רק ייעוד מקצועי לבעלי סגולה בלבד, ולכן כל התלמידים מתאמנים בכל האמנויות. מתוך העשייה האמנותית נוצרים פרויקטים ייחודיים רבים: תערוכות, הצגות, מופעים ועוד, המהווים מוקד של פעילות משותפת ויוצרים כמה מרגעי השיא של הלימודים בתיכון.

את ההתנסות המעשית מלווים גם שיעורים עיוניים על תולדות האמנות, התיאטרון והמוסיקה. סדנאות לאומנויות, מלאכות ומקצועות טכניים - חינוך ולדורף שם דגש על מיומנויות שימושיות ואסתטיות של עשייה ויצירה, ועל "חכמת הידיים" שנזנחה בתרבות המודרנית.
הסדנאות השונות מפגישות את התלמידים עם מגוון של חומרים – עץ, מתכת, אבן, בד ועוד, עם מלאכות שימושיות כגון בישול ותיקונים ביתיים ועם מחשבים ועולם הטכנולוגיה המודרני.

בית ספר חי בעולם -

תיכון "שקד" מבסס את פעילותו על מפגש נרחב ככל האפשר עם החיים כפי שהם, ולשם כך משולבות בתכנית הלימודים פעילויות חוץ בית ספריות רבות. בכל שנה מתוכננים לפחות שלושה שבועות של למידה בשטח, המיועדים להפגיש את התלמידים עם הטבע, עם תחומי עבודה שונים ועם המגוון האנושי העצום של החברה הישראלית. שבועות אלה כוללים טיולים וניווטים, עבודה בתחומים שונים כמו חקלאות, תעשייה ומקצועות חופשיים, התנדבות והיכרות עם יוזמות חברתיות, ומפגשים עם קהילות שונות. בנוסף מתוכננים סיורים ומפגשים עם מומחים בתחומים שונים - אנשי רוח ותרבות, מנהל ושלטון, כלכלה ותכנון.